Με Προεδρικό Διάταγμα που κατατέθηκε στο ΣτΕ, δημιουργούνται 4 υπερ-υπουργεία, ενώ δύο άλλα μετονομάζονται. Συνολικά, η κυβέρνηση θα αποτελείται από 10 υπουργεία.
Το πρώτο υπερ-υπουργείο είναι το Υπουργείο Εσωτερικών στο οποίο υπάγονται οι υπηρεσίες και οι αρμοδιότητες των υπουργείων: 1) Εσωτερικών, 2) Διοικητικής Μεταρρύθμισης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, 3) Δημόσιας Τάξης και Προστασίας του Πολίτη και 4) Μακεδονίας Θράκης.
Το δεύτερο υπερ-υπουργείο είναι το Υπουργείο Οικονομίας, Υποδομών, Ναυτιλίας και Τουρισμού, στο οποίο υπάγονται οι υπηρεσίες και οι αρμοδιότητες των υπουργείων: 1) Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, 2) Ναυτιλίας και Αιγαίου, 3) Τουρισμού και 4) Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων.
Το τρίτο υπερ-υπουργείο είναι το Υπουργείο Παραγωγικής Ανασυγκρότησης, Περιβάλλοντος και Ενέργειας, στο οποίο υπάγονται οι υπηρεσίες και οι αρμοδιότητες των υπουργείων: 1) Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, 2) Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και 3) οι υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Βιομηχανίας του υπουργείου Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας.
Επιπλέον, δημιουργείται Υπουργείο Πολιτισμού, Παιδείας και Θρησκευμάτων, στο οποίο υπάγονται οι αρμοδιότητες και οι υπηρεσίες των υπουργείων: 1) Πολιτισμού και Αθλητισμού και 2) Παιδείας και Θρησκευμάτων.
Το Υπουργείο Υγείας μετονομάζεται σε Υπουργείο Υγείας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων και το Υπουργείο Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Πρόνοιας μετονομάζεται σε Υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. Η γενική γραμματεία Κοινωνικών Ασφαλίσεων μεταφέρεται από το υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης στο υπουργείο Υγείας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων.
Τα υπόλοιπα τέσσερα υπουργεία της κυβέρνησης θα είναι τα Εξωτερικών, Εθνικής Αμυνας, Οικονομικών, Δικαιοσύνης, Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Οι αρμοδιότητες, οι θέσεις και το προσωπικό των υπουργείων που συγχωνεύονται μεταφέρονται στα νέα υπουργεία.