Αναφορά στις ενδεχόμενες απώλειες εσόδων του  Ειδικού Λογαριασμού ΑΠΕ (ΕΛΑΠΕ)  κάνει το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους στην έκθεσή του επί των νέων ρυθμίσεων  που προωθεί το επιτελείο του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ). Ειδικότερα,   όπως αναφέρεται στην έκθεση,  ανάμεσα στα   οικονομικά αποτελέσματα που θα προκαλέσουν επί του προϋπολογισμού  διαφόρων  φορέων της κυβέρνησης,  περιλαμβάνονται και δαπάνες του  ΕΛΑΠΕ, τον οποίο διαχειρίζεται ο ΔΑΠΕΕΠ

Συγκεκριμένα, προβλέπεται απώλεια εσόδων από την προωθούμενη μείωση κατά 50% του οφειλόμενου Τέλους Δέσμευσης Φυσικού Χώρου Εγκατάστασης καθώς και του Τέλους Παράτασης Εγκατάστασης και Δέσμευσης Ηλεκτρικού Χώρου καθώς και από την προτεινόμενη καταβολή αποζημίωσης στους αυτοκαταναλωτές ενέργειας για την παραγόμενη από αυτούς ηλεκτρική ενέργεια από ΑΠΕ που διοχετεύουν στο δίκτυο με το οποίο είναι συνδεδεμένοι.
 
Ακόμη, εντοπίζεται κίνδυνος μείωσης του ειδικού λογαριασμού από τον περιορισμό του ανώτατου ορίου του κόστους υποχρέωσης εξισορρόπησης στο 50% των μνημονευόμενων χρεώσεων, το οποίο επιβαρύνει τους σταθμούς παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας από ΑΠΕ και ΣΗΘΥΑ οι οποίοι συνάπτουν Συμβάσεις Λειτουργικής Ενίσχυσης Σταθερής Τιμής   ή σύμβαση πώλησης ηλεκτρικής ενέργειας για τις αποκλίσεις που αυτοί προκαλούν. Ενδεχόμενη απώλεια εσόδων του ΕΛΑΠΕ  μπορεί να προκληθεί και λόγω μη υποβολής των   Εγγυητικών Επιστολών από τις Κοινότητες Ανανεώσιμης Ενέργειας.  

Δαπάνη του ΕΛΑΠΕ εκτιμάται ότι θα προκληθεί από την τροποποίηση της βάσης και του τρόπου χορήγησης της Λειτουργικής Ενίσχυσης στους αυτοκαταναλωτές που εγκαθιστούν σταθμούς παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας από Α.Π.Ε. και Σ.Η.Θ.Υ.Α, για το πλεόνασμα της ηλεκτρικής ενέργειας που διατίθεται στο Διασυνδεδεμένο Σύστημα ή το Διασυνδεδεμένο Δίκτυο καθώς και από τη θέσπιση νέου ειδικού Καθεστώτος Λειτουργικής Ενίσχυσης των Υβριδικών Σταθμών (ΥΒΣ) στα Μη Διασυνδεδεμένα Νησιά (ΜΔΝ) και την υλοποίηση και εφαρμογή μέτρων ενίσχυσής τους
 
Ο ΕΛΑΠΕ θα επιβαρυνθεί και με δαπάνες,  λόγω της προτεινόμενης εξαίρεσης των επαγγελματιών αγροτών – κατόχων φωτοβολταϊκών σταθμών από το ανώτατο όριο για την προσαυξημένη τιμή αποζημίωσης που καταβάλλεται σε λειτουργούντες φωτοβολταϊκούς σταθμούς.   Ακόμη, ο Ειδικός Λογαριασμός ΑΠΕ θα επιβαρυνθεί και με άλλες δαπάνες, όπως από την    προσαύξηση, για το οριζόμενο χρονικό διάστημα, κατά ποσοστό 25%, των τιμών αναφοράς και των τιμών αποζημίωσης για τους σταθμούς   παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας  βιομάζας και βιοαερίου που έχουν τεθεί σε λειτουργία. Επίσης, μπορεί να επιβαρυνθεί:  

  • από τη δυνατότητα αναβίωσης και παράτασης Οριστικών Προσφορών Σύνδεσης των φωτοβολταϊκών σταθμών για εφαρμογή του ενεργειακού συμψηφισμού και την ως εκ τούτου καταβολή της σχετικής αποζημίωσης /ενίσχυσης στους συγκεκριμένους παραγωγούς.
  • από την καταβολή ενίσχυσης λόγω της αξιοποίησης του διαθέσιμου περιθωρίου ισχύος αιολικών σταθμών στα συστήματα Μη Διασυνδεδεμένων Νησιών (Μ.Δ.Ν.), για την εγκατάσταση αιολικών σταθμών στα κορεσμένα δίκτυα των αυτόνομων συστημάτων   με αύξηση της μέγιστης ισχύος παραγωγής ήδη λειτουργούντων αιολικών σταθμών καθώς και της ανάπτυξης νέων.  
  • από την καταβολή αποζημιώσεων στους παραγωγούς ηλεκτρικής ενέργειας από Α.Π.Ε. και Σ.Η.Θ.Υ.Α., λόγω της παράτασης των προθεσμιών εφαρμογής των τιμών αναφοράς με βάση το νέο πλέγμα ρυθμίσεων. 
  • από την παράταση του χρονικού διαστήματος εντός του οποίου μπορεί να υπογραφεί σύμβαση λειτουργικής ενίσχυσης για φωτοβολταϊκούς σταθμούς, χωρίς την προηγούμενη συμμετοχή αυτών σε ανταγωνιστική διαδικασία υποβολής προσφορών και την ως εκ τούτου συνέχιση καταβολής από τον ΕΛΑΠΕ, για το εν λόγω χρονικό διάστημα, υψηλότερων τιμών αποζημίωσης από εκείνες που θα προέκυπταν από τις ανταγωνιστικές διαδικασίες.  

 
Πέρα από τον ΕΛΑΠΕ, η προωθούμενη απαλλαγή από  την υποχρέωση καταβολής χρεώσεων Υπηρεσιών Κοινής Ωφέλειας (ΥΚΩ) για τις ενεργοβόρες επιχειρήσεις στη μέση και χαμηλή τάση, καθώς και τους  αγρότες υπολογίζεται ότι θα επιφέρει  δαπάνη περίπου 55 εκατ. ευρώ επί του κρατικού προϋπολογισμού.  Το ΥΠΕΝ, με νέα νομοθετική πρωτοβουλία,  προτείνει την απαλλαγή από τις χρεώσεις ΥΚΩ των συγκεκριμένων καταναλωτών  κατά την χρονική περίοδο κατανάλωσης ηλεκτρικής ενέργειας , δηλαδή από 1η .11.2021 έως και 31η .3.2022.  Δηλαδή για το συγκεκριμένο διάστημα κατά το οποίο είχε ανασταλεί η εν λόγω υποχρέωση.  

Το ΥΠΕΝ κρίνει ότι για την κάλυψη του κόστους παροχής ΥΚΕ,  στην περίπτωση που ο ειδικός διαχειριστικός λογαριασμός για τις υπηρεσίες αυτές (ΕΛΥΚΩ) παρουσιάσει σχετικό έλλειμμα, θα απαιτηθούν 55 εκατ. ευρώ.