υδρογόνου και συνθετικών καυσίμων, γεγονός που θα επιτρέψει τη διείσδυσή τους σε τομείς που είναι δύσκολο να αποανθρακοποιηθούν, όπως είναι οι βαριές οδικές μεταφορές και ορισμένοι βιομηχανικοί κλάδοι. Με δεδομένο ότι ακόμη η παραγωγή υδρογόνου θεωρείται μια ακριβή τεχνολογία, η ισχύς των μονάδων ηλεκτρόλυσης έως το 2030 περιορίζονται (από τα 300 MW που προβλέπονταν στο προηγούμενο draft του ΕΣΕΚ) στα 187 MW, με «ψαλίδι» και στις αντίστοιχες επενδύσεις, οι οποίες αυξάνονται σημαντικά από το 2040 κι έπειτα.
Αναφορικά με τους τομείς που χαρακτηρίζεται δύσκολη η απανθρακοποίησή τους (“hard to abate”), η βαριά βιομηχανία στην Ελλάδα δεν περιλαμβάνει σήμερα μονάδες παραγωγής χάλυβα ή γυαλιού και, εφόσον η κατάσταση παραμείνει έτσι και τα επόμενα χρόνια, δεδομένης και της διείσδυσης του ηλεκτρισμού στη βιομηχανία που συντελείται ταυτόχρονα, θα είναι μειωμένη η ανάγκη για υδρογόνο ως καύσιμο. Ενδεικτικά, σήμερα σχετική ανάγκη παρουσιάζεται μόνο για μια μονάδα αμμωνίας, η οποία βάσει των υποθέσεων του ΕΣΕΚ θα χρησιμοποιεί πράσινο υδρογόνο από το 2035. Παράλληλα, τα δύο υφιστάμενα διυλιστήρια προχωρούν ήδη στην υλοποίηση επενδύσεων που θα επιτρέψουν τη μετατροπή του «γκρι» υδρογόνου που παράγουν, σε «μπλε», δηλαδή με δέσμευση και αποθήκευση του CO2.
Στις βαριές οδικές μεταφορές βρίσκεται σε εξέλιξη εντατική εφαρμοσμένη έρευνα από τις αυτοκινητοβιομηχανίες για ηλεκτροκίνηση του τομέα με ανάπτυξη νέων μπαταριών αυξημένης ενεργειακής πυκνότητας και υποδομών υπερ-ταχείας φόρτισης υψηλής τάσης ενώ ταυτόχρονα, εξελίσσεται η έρευνα και για την υδρογονοκίνηση (π.χ. Ιαπωνία). Στο ΕΣΕΚ γίνεται η υπόθεση μερικής υδρογονοκίνησης των βαρέων οδικών μεταφορών από το 2040, με την ηλεκτροκίνηση να έχει τον κύριο λόγο, και αυτό διότι η υδρογονοκίνηση, μολονότι έχει τεχνικά πλεονεκτήματα, έχει το πρόβλημα της χαμηλής συνολικής ενεργειακής απόδοσης και του υψηλού κόστους ανάπτυξης σταθμών ανεφοδιασμού. Η υπόθεση αυτή θα επανελέγχεται κατά τις περιοδικές αναθεωρήσεις του ΕΣΕΚ ανάλογα με την εξέλιξη της τεχνολογίας.
Οι κλάδοι της ναυτιλίας και της αεροπλοΐας εμφανίζουν όμως μεγαλύτερες δυσκολίες ως προς την απανθρακοποίησή τους. Τα βιοκαύσιμα έχουν άνω όριο που καθορίζεται από τη διαθεσιμότητα της πρώτης ύλης, ενώ η ηλεκτροκίνηση μπορεί να χρησιμοποιηθεί μόνο για μικρές αποστάσεις.
Σύμφωνα με τα σημερινά δεδομένα, η απανθρακοποίηση της ναυτιλίας και της αεροπλοΐας προβλέπεται να επιτευχθεί κυρίως με τη χρήση ανανεώσιμων συνθετικών καυσίμων τη συγκεκριμένη περίοδο. Για τον σκοπό αυτόν θα απαιτηθούν μεγάλες ποσότητες πράσινου υδρογόνου και βιομηχανικές εγκαταστάσεις σύνθεσης, οι οποίες αναμένεται να εγκατασταθούν στα διυλιστήρια, τα οποία έχουν ήδη εμπειρία στον χειρισμό του υδρογόνου και στις χημικές διεργασίες επεξεργασίας καυσίμων. Εκτιμάται ότι το πράσινο υδρογόνο θα παράγεται επί τόπου από ΑΠΕ, είτε εγκατεστημένες ειδικά για τον σκοπό αυτό, είτε μέσω PPAs. Άλλωστε, από το 2035, οι ΑΠΕ θα έχουν μερίδιο στην ηλεκτροπαραγωγή άνω του 90%, οπότε το υδρογόνο που θα παράγεται με χρήση ηλεκτρικής ενέργειας που θα απορροφάται από τα δίκτυα σε όλη την ελληνική επικράτεια θα επιτρέπεται να θεωρείται «ανανεώσιμο».