Ωστόσο, λύση στο πρόβλημα των παρακρατήσεων από τους μισθούς των εργαζομένων έρχεται να δώσει τροπολογία που θα καταθέσει το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας στο νομοσχέδιο για τον θαλάσσιο χωροταξικό σχεδιασμό. Υπενθυμίζεται, πως σύμφωνα με τους εργαζόμενους, από το 2013 ξεκίνησε η παρακράτηση του 25% της μισθοδοσίας τους, εξαιτίας της εφαρμογής μιας παράλογης ερμηνευτικής εγκυκλίου του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους, με αποτέλεσμα να συρρικνώνονται οι μισθοί. Έκτοτε, ξεκίνησε ένας δικαστικός αγώνας αρκετών εργαζομένων, που είχε σαν αποτέλεσμα τη δικαίωση τους.
Το Ινστιτούτο αντιμετωπίζει ακόμα το πρόβλημα της υποστελέχωσής του που οδηγεί στην μη εύρυθμη λειτουργία του. Παράλληλα, οι εργαζόμενοι υποστηρίζουν πως προωθείται η αλλαγή του θεσμικού καθεστώτος του ΙΓΜΕ, καταγγέλοντας πως αυτό το ενδεχόμενο θα έχει καταστροφικές συνέπειες, καθώς συνεπάγεται οργανωτικές μεταβολές, που θα το καταστήσουν ανενεργό, την ώρα που είναι σε εξέλιξη έργα, μέσω προγραμμάτων ΕΣΠΑ. Επιπλέον, ανοιχτή πληγή παραμένει το πρόβλημα με το ασφαλιστήριο που είχε συνταχθεί το 1989 μεταξύ του ινστιτούτου και της Εθνικής Ασφαλιστικής. Το συμβόλαιο χρηματοδοτούσαν τόσο οι εργαζόμενοι όσο και ο εργοδότης, και όταν αποχωρούσαν λόγω παραίτησης ή συνταξιοδότησης λάμβαναν μια αποζημίωση. Ωστόσο, το 2013 η Εθνική Ασφαλιστική διέκοψε το συμβόλαιο, λόγω αδυναμίας της να το διαχειριστεί. Και σε αυτή την περίπτωση οι εργαζόμενοι οδηγήθηκαν στα δικαστήρια, δικαιώθηκαν και υπάρχουν τελεσίδικες δικαστικές αποφάσεις για τέτοιες οφειλές του Ινστιτούτου, ύψους άνω των 8 εκατ. ευρώ. Να σημειωθεί ακόμα, πως πριν από δέκα μήνες, το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας ψήφισε μια τροπολογία, με την οποία θεσπίστηκε η αναστολή μέτρων διοικητικής και αναγκαστικής εκτέλεσης σε βάρος της κινητής και της ακίνητης περιουσίας του ινστιτούτου, ούτως ώστε οι εργαζόμενοι να μπορούν να λάβουν και πάλι τη μισθοδοσία τους. Η συγκεκριμένη όμως τροπολογία έχει ισχύ μέχρι τα τέλη Ιουνίου.
Πάντως, την περασμένη Δευτέρα οι εργαζόμενοι είχαν συνάντηση με τον διευθυντή του γραφείου του υπουργού Περιβάλλοντος και Ενέργειας, όπου συζητήθηκαν όλα τα ανοιχτά ζητήματα. Οι εργαζόμενοι επισημαίνουν, ότι τους ανακοινώθηκε η καθυστέρηση της επιχορήγησης του πρώτου δίμηνου του 2018 του ΙΓΜΕ που συνδέεται με τη μισθοδοσία του Μαΐου, ενώ σε ότι αφορά τις προσλήψεις, τους γνωστοποιήθηκε ότι δεν θα γίνει εντός του έτους πρόσληψη μόνιμου προσωπικού. Όμως, προβλέπεται στα πλαίσια των προγραμμάτων κατάρτισης που θα ξεκινήσουν το Σεπτέμβριο, η δυνατότητα ετήσιας απασχόλησης 30-40 ατόμων.