Κύριο χαρακτηριστικό της νέας αυτής δομής είναι η ενίσχυση της λειτουργικότητας και της ευελιξίας της υπηρεσίας, με βάση τα διεθνή πρότυπα άλλων Αρχών Ανταγωνισμού.
Τα χαρακτηριστικά της νέας δομής είναι η αντικατάσταση των υπαρχουσών διευθύνσεων Οικονομικής και Νομικής τεκμηρίωσης, από ‘μεικτές' τομεακές διευθύνσεις που εστιάζουν σε έναν, ή περισσότερους, αλλά γειτνιάζοντες, οικονομικούς τομείς, και στελεχώνονται από προσωπικό με οικονομική, νομική και τεχνική κατάρτιση.
Παράλληλα, προβλέπεται η δημιουργία οριζοντίων τμημάτων για την Οικονομική Τεκμηρίωση και τη Ψηφιακή Αναζήτηση Στοιχείων (επιπλέον του υπάρχοντος τμήματος Προώθησης Πολιτικών Ανταγωνισμού), καθώς και Διεύθυνσης Επικεφαλής Νομικού.
Τέλος, δημιουργούνται νέες διευθύνσεις που υπάγονται απευθείας στον πρόεδρο της επιτροπής (διεύθυνση Συντονισμού και Γραμματείας καθώς και διεύθυνση Διεθνών Σχέσεων και Επικοινωνίας), καθώς και γραφείο Νομικού Συμβουλίου του Κράτους στην Επιτροπή Ανταγωνισμού.