Απαντώντας σε σχετική ερώτηση – παρατήρηση των δημοσιογράφων ο Γ. Παπαντωνίου είπε:
«Η κεντρική κατηγορία που μου απηύθυναν οι συντάκτες του κατηγορητηρίου και της εισαγγελικής πρότασης, ότι δήθεν προώθησα με πρόθεση ένα εξοπλιστικό πρόγραμμα που δεν ήταν συμφέρον για το ελληνικό Δημόσιο, είναι παντελώς ανυπόστατη, στηρίχθηκε δε σε ανεπίτρεπτη λογική και αποδεικτική ακροβασία.
Θα μπορούσα να γράψω σελίδες για τις κατακλυσμιαίες αντιφάσεις και τα λογικά κενά των Εισαγγελικών πορισμάτων, που οδηγούν νομοτελειακά στον ηθικό και βιολογικό θάνατο ενός ανθρώπου, αλλά είμαι βέβαιος ότι κανείς δεν θα αφιερώσει χρόνο για να τις διαβάσει.
Στο σημείο αυτό, ο πρώην υπουργός επισημαίνει: «Σύμφωνα με την ασκηθείσα ποινική δίωξη, που παραγγέλθηκε από την κυρία Ελένη Τουλουπάκη, ο εκσυγχρονισμός των 6 φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού, που αποφασίστηκε το 2000 από το Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικών και Άμυνας (ΚΥΣΕΑ), "ήταν αντίθετος με το συμφέρον του Ελληνικού Δημοσίου χωρίς να εξετασθεί οποιαδήποτε άλλη λύση"!!
Δηλαδή ο πρώην Υπουργός προκάλεσε στο Ελληνικό Δημόσιο ζημία 381.578.580 ευρώ, αντίστοιχη - ισόποση με το κατασκευαστικό κόστος εκσυγχρονισμού των φρεγατών!!! Αναρωτιέται ο μέσος πολίτης μήπως οι φρεγάτες δεν εκσυγχρονίσθηκαν, μήπως εξαφανίσθηκαν, μήπως εξαϋλώθηκαν, μήπως φαγώθηκαν τα χρήματα του κόστους επισκευής; Η ιστορική αλήθεια είναι ότι οι φρεγάτες αυτές εκσυγχρονίσθηκαν, κατέστησαν λειτουργικά απόλυτα αξιόμαχες και φυλάσσουν εδώ και 20 χρόνια με αποτελεσματικότητα τα θαλάσσια σύνορα της χώρας;;!! Τρεις επιλογές υπήρχαν: είτε ο εκσυγχρονισμός ύψους 381 εκατομμυρίων ευρώ περίπου, είτε η αγορά 6 νέων φρεγατών αξίας 4 δις ευρώ περίπου, είτε ο παροπλισμός και η πλήρης απαξίωση τους, με τους ελληνικούς θαλάσσιους ορίζοντες να μένουν αφύλακτοι στην τουρκική απειλή. Η πολιτική ηγεσία έκανε την επιλογή του εκσυγχρονισμού, επειδή η επιλογή της αγοράς όχι μόνο ήταν προφανώς αντιοικονομική αλλά και γιατί δεν υπήρχαν οι αντίστοιχοι πόροι. Η επιλογή αυτή υλοποιήθηκε από τον Γιάννο Παπαντωνίου.
«Επισημαίνω ότι αν είχα προχωρήσει στην αγορά νέων φρεγατών, θα με κατηγορούσαν για εθνική προδοσία γιατί θα είχαν δαπανηθεί 4 δις. ευρώ, δηλαδή 10πλάσιο ποσό σε σύγκριση με το κόστος του εκσυγχρονισμού για το ίδιο αποτέλεσμα! Είναι συνεπώς προφανής η σκευωρία και ποιοι ευσυνειδήτως πήραν μέρος σε αυτήν».
Η όλη υπόθεση όμως δεν σταματά εδώ. Σε νέα ερώτηση για τις προθέσεις του μετά την αποφυλάκισή του, ο Γιάννος Παπαντωνίου είπε:
«Μετά την αποφυλάκισή μου τον περασμένο Απρίλιο, το Δικαστικό Συμβούλιο έκρινε με Βούλευμα ότι οι κατηγορίες εναντίον μου δεν στοιχειοθετούνται και ότι, κατά συνέπεια, δεν μπορώ να παραπεμφθώ σε δίκη. Διέταξε παράλληλα τη λήψη ορισμένων συμπληρωματικών καταθέσεων από την ανακριτική αρχή, ώστε να επανεξετάσει τη δικογραφία και να καταλήξει είτε στην παραπομπή είτε στην αρχειοθέτηση. Όμως, επί ένα χρόνο ο φάκελος έχει «παγώσει» και δεν πραγματοποιούνται οι συμπληρωματικές ανακριτικές ενέργειες που παράγγειλε το Συμβούλιο. Η καθυστέρηση με καταδικάζει σε καθεστώς διαρκούς ομηρίας. Έως ότου εκκαθαριστεί η υπόθεση, θα συνεχίζουν να αιωρούνται σε βάρος μου οι απεχθείς κατηγορίες της δωροδοκίας και του ξεπλύματος - που οι υποκινητές της σκευωρίας είχαν το θράσος να μου απευθύνουν, στοχεύοντας στην ηθική και πολιτική μου εξόντωση. Παράλληλα, παραμένει σε ισχύ ο καταιγισμός περιοριστικών μέτρων που έχουν επιβληθεί στη σύζυγο μου και εμένα, όπως παρουσίες στο Τμήμα, απαγόρευση εξόδου από τη χώρα και δεσμεύσεις των εισοδημάτων, καταθέσεων και περιουσιακών μας στοιχείων. Η διαρκής ομηρία αποτελεί την τελευταία πράξη του πολιτικο-δικαστικού σκανδάλου που μεθοδεύτηκε από την κυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑ, με την άσκηση ποινικής δίωξης βασισμένης σε ψευδή και κατασκευασμένα στοιχεία εναντίον πολιτικού με διακεκριμένη συμβολή στην πορεία της χώρας. Συνεχίστηκε με την αυθαίρετη προφυλάκισή μου για ενάμιση χρόνο - και μισό χρόνο για τη σύζυγο μου - και κορυφώθηκε με τρεις απορρίψεις αντίστοιχων αιτημάτων αποφυλάκισης με επίκληση, και πάλι, ψευδών και παραποιημένων στοιχείων!
Ο δικηγόρος μου Μιχάλης Δημητρακόπουλος έχει προβεί στις αναγκαίες ενέργειες προς τις δικαστικές αρχές για την άμεση ολοκλήρωση της ανακριτικής διαδικασίας, ώστε η υπόθεσή μου να αχθεί το ταχύτερο δυνατό στο στάδιο της δικαστικής εκκαθάρισης. Θέλω να πιστεύω ότι η ανακριτική αρχή θα ανταποκριθεί.
Όταν αποφυλακίστηκα, είχα δηλώσει ότι ‘ζητώ δικαίωση, και μία συγγνώμη’. Επαναλαμβάνω τη δήλωση με μεγαλύτερη έμφαση. Ζητώ να κριθώ, το συντομότερο δυνατό, από τη δικαιοσύνη. Όσα έχουμε υποστεί, η σύζυγος μου και εγώ, αποτελούν σελίδες ντροπής για τη δημόσια ζωή και τους θεσμούς της χώρας μας.»
Κάνοντας τέλος λόγο για τις πολιτικές του προθέσεις, ο πρώην υπουργός και πρόεδρος – ιδρυτής του Κέντρου Ερευνών Προοδευτικής Πολιτικής (ΚΕΠΠ) τόνισε: «Πριν από όλα πρέπει να πω ότι, ανήκοντας σε οικογένεια δικαστικών και δημοσίων λειτουργών με μακρά παράδοση προσφοράς στο Δημόσιο, εμπιστεύομαι τη δικαιοσύνη. Γιατί γνωρίζω ότι η τεράστια πλειοψηφία των Ελληνίδων και των Ελλήνων δικαστών εκπληρώνουν, με εντιμότητα και πάθος, την αποστολή τους στο πλαίσιο του δημοκρατικού μας πολιτεύματος.
Μέσω του ΚΕΠΠ επιθυμώ να προσφέρω με όλους μου τις δυνάμεις στη χώρα, η οποία περνά, και θα περάσει, κρίσιμες μέρες. Με τεράστιο διακύβευμα την ανάπτυξή της. Από την άλλη πλευρά πιστεύω ότι η συμβολή μου αυτή θα είναι επωφελής και για την ανανέωση της κεντροαριστεράς στην Ελλάδα και την Ευρώπη σε μια περίοδο όπου παρουσιάζει κόπωση και άρα υπάρχει ανάγκη από νέα πολιτικά εργαλεία.»