Το 2011, η Γυάρος εντάχθηκε στο πανευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών Natura και το 2019 νομοθετήθηκε η προστασία της. Στη θαλάσσια περιοχή της νήσου διαβιούν απειλούμενες με εξαφάνιση μεσογειακές φώκιες, θαλασσοπούλια, ενώ υπάρχουν καταπράσινα λιβάδια Ποσειδωνίας και σημαντικοί κοραλλιογενείς σχηματισμοί.
Με την παράταση του καθεστώτος ειδικής προστασίας στην περιοχή συνεχίζουν να ισχύουν οι παρακάτω περιορισμοί:
● επαγγελματική αλιεία μόνο από 1 Ιουνίου έως 31 Οκτωβρίου
● αλίευση μόνο με δίχτυα απλάδια και με «άνοιγμα ματιού» από 22 χιλιοστά και πάνω
● αγκυροβόλια για τη φύλαξη της Ποσειδωνίας
● δίνεται έμφαση στη μη αλλοίωση της ακτής και του πυθμένα της θαλάσσιας ζώνης
● απαγορεύεται η καταστροφή ή επιβάρυνση των παράκτιων και θαλάσσιων οικοτόπων
Σύντομα θα υπογραφεί και η ανανέωση του μνημονίου συνεργασίας μεταξύ του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας, του Υπουργείου Ναυτιλίας, του Οργανισμού Φυσικού Περιβάλλοντος και Κλιματικής Αλλαγής (ΟΦΥΠΕΚΑ) και της WWF για την επαρκή φύλαξη της θαλάσσιας περιοχής.